Instalasi farmasi RSI Pati merupakan unit pelaksana fungsional yang melakukan perencanaan, pengadaan, penerimaan, penyimpanan, pendistribusian, pengendalian mutu dan farmasi klinis. Selain itu, Instalasi farmasi RSI Pati bertanggung jawab atas pengelolaan obat-obatan, alat kesehatan, dan Bahan Medis Habis Pakai (Alkes/BMHP). Tujuannya adalah menjaga kualitas pelayanan apotek rumah sakit dalam memenuhi kebutuhan pasien sehingga pasien terlayani dengan baik.